Sebelum menjadi desa definitif, Desa Labuan Panimba merupakan bagian dari Desa Labuan bersama 5 (lima) desa lain yang ada di Kecamatan Labuan, yaitu desa Labuan Lelea, Labuan Salumbone, Labuan Toposo, Labuan Kungguma dan Labuan Lumbubaka. Nama Labuan Panimba berasal dari bahasa Kaili Rai. Labuan  berasal dari kata labua nusakaya atau pelabuhan perahu. Kata Panimba memiliki arti menimbang, hal tersebut dikarenakan karena Kampung Panimba pada saat itu berdasarkan kesepakatan bersama dari penduduk Kampung Labuan secara keseluruhan  dan desa di sekitarnya diberi wewenang untuk mengurus (menimbang) dan memutuskan perkara di bidang pemerintahan dan permasalahan sosial kemasyarakatan (adat-istiadat).

Upaya Tokoh masyarakat Labuan untuk memekarkan desa Labuan menjadi 6 (enam) desa telah dilakukan sejak tahun 1972 ditandai dengan permohonan secara tertulis tokoh masyarakat Labuan  kepada Ketua DPRD tingkat II  Donggala yang ditanda tangani oleh Ahmad Habie, Thaiyeb Risa, dan Andi Tjongi Lamotu yang selanjutnya ditindaklanjuti oleh Bapak Abu Lebu selaku ketua DPRD pada saat itu melalui surat nomor : Pem.4/1/3/DPRD-72 tanggal 27 Januari 1973 yang ditujukan kepada Bupati Donggala yang berisi keinginan masyarakat Labuan tentang pemekaran Desa Labuan menjadi 6 (enam) desa.

Setelah menanti selama 6 (enam) Tahun, pemekaran Desa Labuan belum terwujud maka pada tahun 1979 sejumlah tokoh masyarakat Labuan kembali mengajukan permohonan pemekaran Desa Labuan menjadi 6 (enam) desa melalui surat nomor: 01/TMKL/ 79 tanggal 20 Desember 1979 yang ditujukan kepada Bupati Kepala Daerah tingkat II Donggala, Pimpinan DPRD tingkat II Donggala  dan Kepala Wilayah Kecamatan Tawaeli. Surat permohonan pemekaran tersebut ditanda tangani oleh 17 (tujuh belas) tokoh masyarakat Labuan masing-masing Syuaib Lagegere, BA, Ladami Lamandjuara, Nggolodi Kidu, dan Haerudin Sumanga mewakili Boya Salumbone, Tjanda Lamato,BA dan Usman Yado mewakili Boya Laiba,  Ramalangi Sodi mewakili Boya Mapane, Abbas Tondji, Tehi Hi. Matangara dan Thaiyeb Risa mewakili Boya Ngapa, Dg.Marau Lamaraupa, Langkuati Laose, Rezeki Lahaedo dan Abd. Hamid Masiangi mewakili Boya Oge (Panimba) Thaiyeb Hi.Solo, Surihi dan Masjudin Maudjudu mewakili Boya Dalika. Permohonan tokoh masyarakat Labuan tersebut ditindaklanjuti oleh Bupati Kepala Daerah tingkat II Donggala dan Ketua DPRD tingkat II Donggala  melalui pembentukan tim  yang diketuai oleh Bapak Slamet Rahardjo yang merupakan ketua DPRD tingkat II Donggala pada saat itu. Setelah Tim tersebut melakukan peninjauan, maka dikeluarkan rancangan pemekaran desa Labuan menjadi 2 (dua) desa yang tertuang dalam surat Kepala Wilayah Kecamatan Tawaeli  nomor : Pem.I/4/43 tanggal 5 Mei 1980, yaitu :

1. Labuan I meliputi Boya Ngapa, Boya Salumbone, Boya Oge, Boya Dalika, Boya Sisere.
2. Labuan II meliputi Boya Laiba, Boya Mapane, Boya Lumbubaka dan Boya Lanta.

Rancangan pemekaran desa tersebut mengundang ketidakpuasan tokoh masyarakat Labuan karena tidak sesuai dengan keinginan untuk memekarkan desa Labuan menjadi 6 (enam) desa. Berangkat dari hal tersebut maka tokoh masyarakat Labuan mengajukan  permohonan kepada Bupati Kepala Daerah tingkat II Donggala untuk melakukan peninjauan kembali atas rancangan pemekaran tersebut melalui surat yang ditanda tangani oleh Dg. Marau Lamaraupa, Langkuati Laose, Rezeki Lahaedo dan Abd. Hamid Masiangi.

Untuk merealisasikan upaya pemekaran Desa Labuan, pada tahun 1982 dibentuk  Panitia Pemekaran Desa Labuan dengan komposisi Panitia : Moh. Ali Hi. Laraga sebagai Ketua Umum, Labunai Lamandjuara sebagai Sekretaris Umum, Ahmad Habie sebagai Ketua I, Andi Tjongi Lamotu sebagai Sekretaris  I. Thaiyeb Risa sebagai Ketua II, Syuaib Lagegere,BA sebagai Sekretaris II  dan beranggotakan 19 (sembilan belas) orang tokoh masyarakat desa Labuan. Pada tanggal 27 September 1982 Panitia Pemekaran Desa Labuan mengajukan permohonan pemekaran desa Labuan menjadi 6 (enam) Desa. Selanjutnya disusul tahun 1984 Panitia Pemekaran Desa Labuan kembali mengajukan permohonan kepada Bupati Kepala Daerah tingkat II Donggala agar pemekaran desa Labuan  dapat segera direalisasikan. Mencermati desakan yang semakin kuat dari masyarakat yang diwakili oleh Panitia Pemekaran Desa Labuan, maka Kepala Wilayah Kecamatan Tawaeli yang pada saat itu dijabat oleh Drs.Amizeno Djawampasi menyurat kepada  Bupati Kepala Daerah tingkat II Donggala yang tembusannya disampaikan kepada Gubernur Kepala Daerah tingkat I Provinsi Sulawesi Tengah. Memperhatikan tembusan surat Kepala Wilayah Kecamatan Tawaeli nomor 265/Pem/SD/IV/1984 tanggal 16 April 1984 oleh  Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Sulawesi Tengah, Drs. Galib Lasahido menyurat kepada Bupati Kepala Daerah tingkat II Donggala untuk mengadakan penelitian kelengkapan syarat tentang pemekaran desa Labuan.

Selain upaya-upaya yang dilakukan oleh Panitia Pemekaran Desa Labuan untuk memekarkan Desa Labuan , Masyarakat Labuan yang diprakarsai oleh Ir.Ilyas Hi.Laraga dan Drs.Hi.Tato Masitudju pada tahun 2009 dan percepatan pemekaran desa Labuan menjadi 6 (enam) desa.

 Setelah melalui perjuangan yang panjang dan penantian yang relatif lama maka pada tahun 1994 pemekaran desa Labuan Menjadi 6 (enam) desa dapat terealisasi berdasarkan Surat Keputusan Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Sulawesi Tengah Nomor 146.1/ 441/ 1994 tanggal 16 Agustus 1994 tentang Pemekaran Desa Labuan menjadi 6 (enam) Desa yaitu :

1. Desa Labuan
2. Desa Labuan Salumbone
3. Desa Labuan Panimba
4. Desa Labuan Lelea
5. Desa Labuan Toposo
6. Desa Labuan Kungguma

Bersamaan dengan pemekaran desa Labuan menjadi 6 (enam) desa, Kecamatan Tawaeli juga dimekarkan menjadi 2 (dua) Kecamatan yaitu Kecamatan Tawaeli dan Kecamatan Palu Utara. Kecamatan Tawaeli dengan ibukota Kecamatan Desa Labuan, wilayahnya meliputi  desa Labuan, desa Labuan Salumbone, desa Labuan Lelea, desa Labuan Panimba, desa Labuan Toposo, desa Labuan Kungguma, desa Wani Satu, desa Wani Dua, desa Wombo, desa Nupabomba, desa Guntarano dan desa Bale. Kecamatan Palu Utara dengan ibukota Kecamatan desa Lambara, wilayahnya meliputi desa Mamboro, desa Taipa, desa Kayumalue Ngapa, desa Kayumalue Pajeko, desa Lambara, desa Panau, desa Baiya  dan desa Pantoloan.

Pada tanggal 13 September 1994 Bupati Donggala, Drs. Sahabudin Labadjo melantik pejabat Kepala Desa pertama desa Labuan Panimba sebagai Desa Persiapan yakni Abd.Hamid Masiangi berdasarkan Keputusan Bupati Kepala Daerah tingkat II Donggala Nomor 141/0417/Bag.Pemdes tanggal 27 Agustus 1994.

Pada Tahun 1997 status Desa Labuan Panimba sebagai Desa Persiapan berubah menjadi Desa Definitif berdasarkan Surat Keputusan Gubernur Kepala Daerah tingkat I Sulawesi Tengah  nomor 146.1/554/Ro.Pemdes/ 1997 tanggal 24 Juli 1997. Pada tahun 1999 dilakukan  Pemilihan Kepala Desa secara Demokratis.  Abd.Hamid Masiangi terpilih sebagai Kepala Desa  dan dilantik  oleh Bupati Kepala Daerah tingkat II Donggala sebagai Kepala Desa Labuan Panimba Periode 1999-2007. Sejak berdirinya desa Labuan Panimba telah terjadi beberapa kali pergantian kepala desa :

1. Abd. Hamid Masiangi (Pejabat Kepala Desa Persiapan) tahun 1997-1999
2. Abd. Hamid Masiangi tahun 1999-2007
3. Alisan Dollah 2008 (menjabat selama 10 bulan) mengundurkan diri karena alasan pribadi.
4. Rusdin Habie tahun 2008-2009 (PJS Kepala Desa)
5. Armawi Saebo 2009-2015
6. Dahrin, S.Kom tahun 2015-2016 (Plt. Kepala Desa)
7. Rezeky Lahaedo, S.Pd. tahun 2016-2018
8. Rahmat, S.Sos.,M.Si. tahun 2018 (PJS Kepala Desa)
9. Armawi Saebo tahun 2018-2021
10. Andi Waris, S.SI, tahun 2022
11. Rahim, S.Pd. tahun 2023 (3 Bulan 3 Hari) Meninggal Dunia
12. Fitriah, S.Pd.I tahun 2023 (Pj. Kepala Desa)
13. Humaidin tahun 2024-2029